Meskipun sudah ada gentlemen agreement di antara “kelompok nasionalis” dengan “kelompok agama” yang memperdebatkan relasi antara negara dan Islam dalam penyusunan dasar negara, polemik tentang negara Islam tidak pernah selesai. Dalam diskursus politik Islam kontemporer, wacana ini masih diperdebatkan oleh beberapa kelompok yang bisa dimasukkan dalam dua golongan, yakni Islam “liberal” dan Islam “literal.” Kelompok Islam liberal merupakan transformasi dari gagasan-gagasan sekularisasi Nurcholish Madjid. Kelompok ini terutama diwakili oleh intelektual-intelektual muda Islam seperti Ulil Abshar Abdalla, Luthfi Assyaukanie dan Akhmad Sahal yang tergabung dalam Jaringan Islam Liberal.
Hadirnya gerakan Islam liberal, menurut Luthfi, merupakan upaya untuk menyikapi persoalan Islam dan negara, Islam dan hak-hak sipil, dan Islam dengan kebebasan individu serta Islam dengan persoalan modern lainnya. Dalam membahas relasi antara negara dan Islam, Luthfi meyakini bahwa tidak ada ketentuan dan kewajiban ajaran Islam secara spesifik tentang pemerintahan manusia; urusan negara semata-mata adalah urusan duniawi manusia (hal. 153). Selain itu penafsiran Ulil dalam sebuah artikelnya yang kontroversial di Kompas mempertanyakan yang namanya penerapan hukum Tuhan dalam pemerintahan. Ulil menyatakan “tidak ada yang dinamakan hukum Tuhan seperti yang dipahami kebanyakan orang Islam. Misalnya, hukum Tuhan tentang pencurian, jual beli, pernikahan, pemerintahan, dan sebagainya. Yang ada adalah prinsip-prinsip umum-universal yang dalam tradisi hukum Islam klasik disebut maqashidusy syari’ah atau tujuan umum syariat Islam”. Perdebatan tentang relasi negara dan Islam ini kemudian ditanggapi kelompok Islam literal. Beberapa tokohnya ialah Adian Husaini, Hartono Ahmad Jaiz, dan pada tingkat advokasi praktis ada Ja’far Umar Thalib dan Habib Rizieq. Mengenai pendirian negara Islam, Adian Husaini berdasarkan perspektif historis melihat bahwa penerapan negara Islam pernah dilakukan oleh negara Madinah yang memiliki konstitusi pertama di dunia – piagam Madinah. Pada saat itu, Nabi Muhammad sudah bertindak sebagai kepala negara yang menjalankan syariat Islam bukan hukum adat terhadap seluruh warga negara.
Polemik mengenai relasi agama dan negara yang masih terjadi hingga saat ini secara genealogis merupakan turunan dari polemik yang pernah diperdebatkan oleh dua orang tokoh pendiri bangsa, yaitu Soekarno dan Mohammad Natsir. Polemik yang dihadirkan berawal dari tulisan-tulisan Soekarno di Panji Islam pada 1940 yang kemudian ditanggapi Natsir. Soekarno dianggap mewakili golongan nasionalis sekuler dan Natsir dianggap mewakili golongan nasionalis islami. Golongan nasionalis sekuler dianggap mewakili pandangan bahwa negara mesti dipisahkan dari agama karena doktrin-doktrin agama dianggap tidak bisa menyelesaikan permasalahan negara yang kompleks. Agama perlu dalam negara namun hanya lebih pada urusan-urusan ritual bukan kebijakan. Golongan nasionalis islami sebaliknya justru percaya bahwa penyatuan unsur agama dan negara adalah sebuah kewajiban karena unsur-unsur agama berkaitan dengan persoalan-persoalan negara. Ada semacam keyakinan bahwa agama itu bukan hanya mengatur relasi Tuhan-manusia, namun juga hubungan manusia dan manusia dalam sebuah struktur politik bernama negara.