Masalah yang seringkali dibahas dalam pembangunan antarwilayah adalah kesenjangan antara KBI dengan KTI, meskipun pembangunan selama ini menunjukkan keberhasilan dalam hal peningkatan pendapatan per kapita rata-rata nasional. Berbagai upaya telah dilaksanakan untuk mengurangi kesenjangan. Bahkan memasuki PJP II dibuat serangkaian strategi melalui penerapan skenario percepatan pertumbuhan di daerah-daerah yang relatif tertinggal. Pendekatan lintas sektoral yang lebih terpadu barangkali dapat menyeimbangkan pembangunan antardaerah melalui peningkatan kemampuan daerah itu sendiri.
Masalah pembangunan daerah timbul sebagai akibat kurang meratanya pembangunan antar berbagai daerah di Indonesia. Selama ini, masalah yang banyak dibahas adalah kesenjangan antara Jawa dengan luar Jawa dan antara Kawasan Barat dengan Kawasan Timur Indonesia (KTI). Masalah kelambanan pembangunan di wilayah KTI tidak dapat dipecahkan begitu saja secara parsial dengan memisahkannya dari wilayah Indonesia lainnya (KBI). Penanggulangan masalah kesenjangan pembangunan antarwilayah di Indonesia harus dilihat dan ditangani secara menyeluruh yang mencakup seluruh wilayah tanah air. Di samping itu, kita harus hati-hati merumuskan kebijaksanaan dan strategi pembangunan mengingat dampak yang ditimbulkan terhadap kesinambungan pembangunan, struktur perekonomian, dan kurun waktu stabilitas, pertumbuhan, serta perkembangan pembangunan nasional secara menyeluruh.
Pembangunan daerah, sesuai dengan amanat GBHN 1993, diarahkan untuk memacu pemerataan pembangunan dan hasil-hasilnya dalam rangka meningkatkan kesejahteraan rakyat, menggalakkan prakarsa dan peran serta masyarakat, serta meningkatkan pendayagunaan potensi daerah secara optimal dan terpadu. Dalam upaya pemerataan pembangunan di seluruh tanah air, pembangunan daerah dan kawasan yang kurang berkembang, seperti di KTI, daerah terpencil, dan daerah perbatasan, perlu ditingkatkan sebagai perwujudan dari Wawasan Nusantara. Secara formal, wilayah Indonesia Bagian Timur (IBT), dan sekarang dibakukan dengan istilah kawasan timur Indonesia, dikemukakan pada 4 Januari 1990 oleh Presiden Soeharto di depan sidang DPR yang menyatakan “… daerah-daerah tertentu seperti Indonesia Bagian Timur, memerlukan perhatian khusus.”