Pertahanan, terutama yang terkait dengan aspek kemiliteran, di mata sebagian besar masyarakat masih menyisakan beberapa persoalan serius. Pengembangan matra TNI sejauh ini dinilai masih belum sesuai dengan kompleksitas potensi ancaman terhadap keutuhan wilayah NKRI serta juga belum didasarkan pada realitas geografis Indonesia. Di sisi lain, persoalan ketergantungan alutsista terhadap negara lain serta keterbatasan anggaran juga menjadi persoalan tersendiri. Problematik tersebut mengisyaratkan bahwa sektor pertahanan dituntut untuk terus-menerus melakukan reformasi, kendati selama satu dasawarsa terakhir sektor pertahanan telah menunjukkan beberapa kemajuan berarti.
Meskipun reformasi telah berlangsung lebih dari satu dekade, bidang pertahanan masih menyisakan sejumlah agenda perubahan yang belum tuntas, seperti pengambilalihan aset bisnis militer, wacana subordinasi Markas Besar TNI di bawah Departemen Pertahanan demi menegakkan prinsip civilian control, serta proses “sipilisasi” jajaran pengambil keputusan di kementerian tersebut yang masih diisi oleh personel militer.
Lebih dari itu, terutama di tubuh TNI Angkatan Darat, masih terdapat agenda yang menggantung menyangkut postur organisasi di tingkat wilayah yang hingga kini masih berpola pada pembagian administrasi pemerintahan sipil—sebuah warisan Orde Baru yang memunculkan biaya sosial-politik tinggi dan tidak berubah meskipun fungsi keamanan dalam negeri telah beralih sepenuhnya kepada kepolisian pasca-1998.