PADA 21 Desember 1989 Soedjatmoko meninggal dunia akibat serangan jantung. Kita hampir dapat dipastikan tahu siapa Soedjatmoko itu. Namun demikian, terlampau sukar, jika tidak ingin dikatakan mustahil, untuk menjelaskan dan memasukkan posisi dan juga pemikiran Soedjatmoko dalam kategori yang jelas dan ketat. Terlalu banyak julukan yang bisa diberikan kepada Koko, dan terlalu luas bidang, ruang dan waktu yang diarungi oleh ide dan gagasannya. Ada yang menyebutnya sebagai seorang cendekiawan, inteligensia atau pemikir, budayawan, humanis atau moralis, bahkan ada yang menjuluki sebagai agamawan dan begawan. Memang dia bisa jadi representatif atas semua sebutan tersebut.
Dia bisa menjadi “dekan intelektual bebas Indonesia” sebagaimana disebut Nono Anwar Makarim; eyang dan ulama besar, julukan dari Emha Ainun Najib; seorang generalis, kata Arief Budiman; atau bahkan seorang sufi seperti Kiai Aman. Sementara itu, Mochtar Lubis menyebutnya sebagai “orang Indonesia paling baik”, sedangkan Dawam Rahardjo menunjuk gagasan Soedjatmoko sebagai seorang Pasifis (pencinta damai) dan sekaligus seorang religius.