Pengelolaan pelabuhan mencakupi pelaksanaan peraturan pemerintah, pengusahaan kekayaan negara dan koordinasi antara instansi pemerintah dan swasta. Selama ini serangkaian peraturan telah dikeluarkan pemerintah — termasuk Inpres No. 4/1985 — untuk melancarkan arus barang yang keluar masuk pelabuhan. Dengan peraturan baru ini, menurut Marsongko Gusti, campur tangan pemerintah atas kegiatan usaha dikurangi, tapi pengawasan masih terus diberikan. Penyederhanaan pengurusan di pelabuhan akan menjamin kelancaran barang; kemungkinan penambahan biaya ekstra dapat dihindari, selain cara ini pun akan mempersingkat waktu.